Środki pieniężne należne Funduszowi Wsparcia Sił Zbrojnych oraz Funduszowi Modernizacji Bezpieczeństwa Publicznego i Ochrony Ludności Agencja przekazuje w terminie do 30. dnia miesiąca następującego po danym kwartale, w wysokości nie mniejszej niż 80 % kwoty odpisu za dany kwartał. Agencja dokonuje rozliczenia rocznego w terminie do dnia 30 kwietnia roku następnego.