Agencja może wnieść zażalenie na postanowienie kończące dochodzenie dyscyplinarne, wydane przez Krajowego Rzecznika Dyscyplinarnego, także w przypadku, gdy nie przystąpiła do postępowania w charakterze strony. Wnosząc zażalenie, Agencja przystępuje do postępowania dyscyplinarnego w charakterze strony.