Dyrektora Muzeum powołuje i odwołuje Prezes Instytutu Pamięci. Przepisów art. 15 powoływanie i odwoływanie dyrektora instytucji kultury i art. 16 konkurs na stanowisko dyrektora instytucji kultury ustawy z dnia 25 października 1991 r. o organizowaniu i prowadzeniu działalności kulturalnej nie stosuje się.