Audyt podatkowy przeprowadza Szef Krajowej Administracji Skarbowej wobec podatnika przed zawarciem umowy o współdziałanie (audyt wstępny) oraz w trakcie obowiązywania umowy o współdziałanie (audyt monitorujący) w celu sprawdzenia:
1)
prawidłowości wypełniania obowiązków podatkowych;
2)
skuteczności i adekwatności ram wewnętrznego nadzoru podatkowego.