Komendant SOP jest obowiązany do wykonania zarządzenia Sądu Okręgowego w Warszawie o zniszczeniu materiałów, o którym mowa w art. 48 postępowanie z materiałami uzyskanymi w toku kontroli operacyjnej ust. 4, oraz niezwłocznego, komisyjnego i protokolarnego zniszczenia materiałów, których wykorzystanie w postępowaniu karnym jest niedopuszczalne. Komendant SOP niezwłocznie informuje Pierwszego Zastępcę Prokuratora Generalnego Prokuratora Krajowego o zniszczeniu tych materiałów.