Przepisów ustawy nie stosuje się do morskich wód wewnętrznych oraz wód morza terytorialnego w zakresie, w jakim korzystanie z tych wód oraz gruntów pokrytych tymi wodami jest uregulowane w przepisach ustawy z dnia 21 marca 1991 r. o obszarach morskich Rzeczypospolitej Polskiej i administracji morskiej (Dz. U. z 2023 r. poz. 960, 1688 i 2029 oraz z 2024 r. poz. 731 i 834).