Organy celne są w głównej mierze odpowiedzialne za nadzór nad międzynarodową wymianą handlową Unii, wspierając w ten sposób sprawiedliwy i swobodny handel, wdrażanie zewnętrznych aspektów rynku wewnętrznego, wspólnej polityki handlowej oraz pozostałych wspólnych polityk Unii w zakresie wymiany handlowej, a także bezpieczeństwo całego łańcucha dostaw. Organy celne wprowadzają środki mające na celu w szczególności:
a) ochronę interesów finansowych Unii i jej państw członkowskich;
b) ochronę Unii przed nieuczciwym i nielegalnym handlem przy równoczesnym wspieraniu legalnej działalności gospodarczej;
c) zapewnianie bezpieczeństwa i ochrony Unii i jej mieszkańców oraz ochrony środowiska, w stosownych przypadkach w ścisłej współpracy z innymi organami; oraz
d) utrzymanie należytej równowagi pomiędzy kontrolami celnymi a ułatwianiem legalnej wymiany handlowej.