Rada Ministrów określi, w drodze rozporządzenia, szczegółowe warunki i tryb przygotowywania i prowadzenia czynności kontrolnych, dokumentowania poszczególnych czynności kontrolnych, sporządzania protokołu kontroli oraz wniosków i wystąpień pokontrolnych przez funkcjonariuszy CBA, uwzględniając możliwości składania zastrzeżeń i odmowy podpisania protokołu oraz wzory dokumentów obowiązujących przy przeprowadzaniu czynności kontrolnych.