Ustalenia ujęte w protokole kontroli stanowią podstawę do podjęcia dalszych czynności, w tym dokonania ocen, sporządzenia wniosków, zaleceń pokontrolnych, wydania decyzji i sporządzenia informacji dla jednostek nadrzędnych, oraz do powiadomienia właściwego organu w przypadku popełnienia przestępstwa lub wykroczenia.