Inspekcja realizuje zadania związane z nadzorem nad zdrowiem roślin, zapobieganiem zagrożeniom związanym z obrotem i stosowaniem środków ochrony roślin, nadzorem nad wytwarzaniem, oceną, obrotem i stosowaniem materiału siewnego oraz kontrolą upraw GMO, określone w ustawie, w przepisach o środkach ochrony roślin, w przepisach o nasiennictwie, przepisach o mikroorganizmach i organizmach genetycznie zmodyfikowanych oraz przepisach innych ustaw.