Do wyboru przez instytucję zarządzającą organizacji partnerskich stosuje się odpowiednio przepisy art. 37 ust. 1, ust. 3 pkt 1 i ust. 3a–7, art. 38 ust. 1 pkt 1, art. 39, art. 40 ust. 2, art 41–44, art. 45 ust. 4–7, art. 46 ust. 1, 3 i 4, art. 50, art. 53 ust. 1 i ust. 2 pkt 1, art. 54, art. 57, art. 58 ust. 1 i ust. 2 pkt 1 oraz art 59–67 ustawy z dnia 11 lipca 2014 r. o zasadach realizacji programów w zakresie polityki spójności finansowanych w perspektywie finansowej 2014–2020, przy czym instytucją właściwą do wyboru organizacji partnerskich oraz do rozpatrzenia protestu jest minister właściwy do spraw zabezpieczenia społecznego.