Do wyboru przez instytucję zarządzającą beneficjentów-organizacji partnerskich stosuje się odpowiednio przepisy art 45–49, art. 51 ust. 1 pkt 3, 4 i 6–9, ust. 2 pkt 2 i 4, ust. 3–6 i ust. 8, art. 53, art. 54 ust. 1, art. 55, art. 56, art. 57 ust. 1 zdanie pierwsze i ust. 2–4, art. 58, art. 59, art 63–65, art. 68, art. 69 ust. 1 i ust. 2 pkt 1 oraz art 70–78 ustawy z dnia 28 kwietnia 2022 r. o zasadach realizacji zadań finansowanych ze środków europejskich w perspektywie finansowej 2021–2027, przy czym instytucją właściwą do wyboru beneficjentów-organizacji partnerskich oraz do rozpatrzenia protestu jest minister właściwy do spraw zabezpieczenia społecznego.