KNF wykreśla wpis małej instytucji płatniczej z rejestru małych instytucji płatniczych w przypadku otrzymania zawiadomienia, o którym mowa w art. 117m zawiadomienie o zamiarze zakończenia działalności przez małą instytucję płatniczą, a także po uzyskaniu informacji o zgonie przedsiębiorcy. Wykreślenie następuje także po uzyskaniu informacji z Centralnej Ewidencji i Informacji o Działalności Gospodarczej albo Krajowego Rejestru Sądowego o wykreśleniu przedsiębiorcy.