Minister właściwy do spraw nauki określi, w drodze zarządzenia, regulamin działania Komitetu Ewaluacji Jednostek Naukowych, określając w szczególności tryb działania Komitetu i wyboru komisji oraz przewodniczących komisji, a także sposób organizowania posiedzeń oraz przygotowywania dokumentów i opinii, mając na uwadze rodzaj i zakres zadań Komitetu oraz konieczność zapewnienia ich realizacji.