Obowiązki i uprawnienia Naczelnego Prokuratora Wojskowego, wojskowych prokuratorów okręgowych i wojskowych prokuratorów garnizonowych w sprawach wynikających z ustawy z dnia 11 września 2003 r. o służbie wojskowej żołnierzy zawodowych (Dz. U. z 2014 r. poz. 1414, z późn. zm.) przejmuje Prokurator Generalny.